פרחי האפלה הוא מסע אל המחוזות החשובים והמופלאים של החיים.
מלחמת העולם השנייה בעיצומה, הגירושים מהגטו גוברים מיום ליום, והורים מנסים להציל את ילדיהם בכל דרך. לאחר שכל הנסיונות למצוא מקלט להוגו עולים בתוהו מחליטה אמו להחביא אותו אצל מריאנה, חברתה מבית-הספר העממי, העוסקת במקצוע העתיק בעולם.
הוגו בן האחת-עשרה, בן יחיד מבית יהודי אמיד, מוצא את עצמו לפתע בקיטון אפל וצר ליד חדרה של מריאנה. מריאנה, אישה נאה הנתונה למצבי רוח, שומרת עליו ואוהבת אותו, אך חייה אינם בידיה. היא נקרעת בין מקצועה המשפיל לבין דאגתה לאמה החולה. חייו של הוגו בקיטון הם רצף של הקשבה, התבוננות והטמעה רבה. כאן הוא לומד על החיים, על אכזריותם, על כיעורם ועל גסותם, אבל גם על עדינות ועל נדיבות. מריאנה, החולקת עמו את מצוקותיה, אינה יכולה לספר לו הכול, אבל די במה שהיא מספרת לו שישלים את החסר.